Оптовая и розничная реализация лекарственных средств и других медицинских товаров аптечного ассортимента. Государственные аптеки также обеспечивают лекарствами льготные категории граждан, изготавливают лекарственные формы по индивидуальным рецептам, снабжают этиловым спиртом для медицинских целей.

Предприятие поставляет медицинские товары, закупаемые на централизованные средства. Исполняет федеральные и республиканские целевые программы в сфере здравоохранения. Министерство здравоохранения РБ на конкурсной основе выбрало ГУП “Башфармация” исполнителем услуг по получению, хранению и отпуску в лечебно-профилактические учреждения республики медицинских иммунобиологических препаратов. Весомый вклад вносит государственная аптечная сеть и в подготовку фармацевтических кадров республики. Предприятие тесно сотрудничает с Башкирским государственным медицинским университетом и Бирским медико-фармацевтическим колледжем. В аптеках сети студенты и интерны проходят учебно-производственную практику.